Какую перегрузку испытал бы пилот космического аппарата - стартуя в космос с Юпитера?

Ускорение свободного падения на экваторе Юпа - 25 м/с². То есть человек там будет чувствовать себя в 2,5 раза тяжелее. А дополнительное ускорение при старте может быть любым, например, добавка может быть лишь 0,1 м/с² или еще меньше.
При стартах с Земли большие перегрузки дают возможность сэкономить топливо - ясно, что просто вися над землей, ракета топливо расходовать будет, а толку ноль. То же и на Юпитере. Надо как можно быстрее набрать первую космическую скорость, чтобы ракету на орбите держала уже не сила вылетающих газов, а центробежная сила. Большая перегрузка нужна только для экономии топлива при выходе на орбиту. затем можно наращивать скорость хоть с черепашьей стремительностью ;)

Стартовать и улетать можно на любой скорости имея достаточный запас топлива и тягу. Только вот гравитационное поле там таково, что что бы не быть разорванным приливными силами космонавт должен быть росточком в 2 сантиметра.

Такую же, как и на Земле. Кто же будет космонавтов гробить?

P.S. ну, если формально, перегрузка зависит от ускорения свободного падения, а на Юпитере оно в 2,5 раза больше земного.

Какую бы вы задали - такую бы он и испытал.
Например обитаемые аппараты стартующие с Земли больше 5 - 6 крат не превышают. А беспилотники таким ограничением не связаны и стартуют с перегрузками в десятки величин.
То же и с Юпитером. Вторая космическая скорость для Юпитера 59,5 км/с, а у нас 11 км/с.

Гравитация Юпитера раздавила бы пилота. Масса человека на Юпитере будет несколько тонн.

какую зададут при проектировании, такая и будет.
на земле также есть разные типы ракет с разными перегрузками
например, ракета Титан давала перегрузку в 10g, ракета Cатурн - 4 g

с юпитера космический аппарат стартовать не может вовсе.