Откуда люди узнали как выглядят атомы и строения молекул? Или Это все условно?

Люди не знают, как выглядят атомы.

Современные электронные микроскопы позволяют увидеть наиболее крупные молекулы, например молекулы белка, молекулярная масса которых составляет сотни тысяч и миллионы а. е. м. Есть методы, позволяющие определить взаимное расположение атомов в кристаллах (не увидеть, а определить взаимное расположение, это далеко не одно и то же) . Как выглядят атомы. мы не знаем. Вся наука о строении молекул, атомов, ядер, нуклонов и т. д. в принципе - условность. Предложили какие-то модели, на основе этих моделей рассчитали, как должны вести себя эти частицы (молекулы, атомы и т. д.) . На основе реальных физических и химических экспериментов получены результаты, согласующиеся с предложенными моделями. Пока результаты экспериментов согласуются с расчетами по моделям, модели признают соответствующими фактам. Когда появляются факты, противоречащие моделям, приходится придумывать новые модели. Пример: модель атома Томпсона, модель Бора, модель атома на основе квантовой механики, что дальше? . В этом и состоит прогресс науки.

есть электронные микроскопы.. .
молекулу насколько знаю можно увидеть в том числе и атом, еще относительно крупное ядро в атоме, но здесь рассказать подробнее не могу.. .
но вот электрон увидеть это уже совсем сложно тем более там действует принцип Гейзенберга... слишком маленький электрон...

"Откуда люди узнали как выглядят атомы " - ниоткуда. Атомы вообще не могут "выглядеть". Человеческий глаз работает потому, что в него за раз попадает очень много фотонов, которые и создают изображение. Если направить фотоны на атом, то он при столкновении с каждым из них будет меняться и ничего ты не увидим.
А строение узнали из опытов. Например на рассеянии электронов на разных кристаллических решетках.

бывают