Откуда люди знают, как выглядит атом?

С помощью гаммаструктурного анализа. Только затемнения надо микроскопом смотреть, да и экспозиция ничтожна. Но электрон зафиксировали уже давно, есть картинка — ищи.

Атом никак не выглядит. У него НЕТ внешности, т.к. он меньше длины световой волны. Только наиболее крупные атомы (с большими номерами по таблице Менделеева) выглядят как смутные облачка чего-то невразумительного.
Поэтому представление об атомах основывается на условных моделях и формулах. Ничего страшного. Далеко не все в природе требует "визуального представления", чтобы понять и разобраться. Магнитное поле, к примеру, вообще никак не реагирует на свет, и совершенно невидимо. Это никак не мешает людям ЗНАТЬ о его существовании, изучить его свойства и с успехом их использовать. Ты животное довольно высокоразвитое, и тебе не пристало полагаться только на глаза. У тебя есть гораздо более совершенный инструмент - разум. Хотя он, конечно, нуждается в обучении и воспитании...

Например, по фотографиям атомов с помощью микроскопа...

А он и не "выглядит". Он слишком мелкий, чтобы "выглядеть". Известна его структура, что куда проще исследовать, начиная с методов Резерфорда.

Лично видел.
... в туннельном микроскопе.
А ещё есть электронные, протонные и даже нейтронные.

По проявлениям действия и логическим выводам. Начали с камеры Вильсона, закончили синхрофазотроном

Микроскоп

Фотография через электронный микроскоп

Из учебника физики

во

нарн, по откату памяти в первозданном замесе..))

Рассмотрели

Увидели

глаза есть

Люди такие твари, что всё узнают

С по ощью математических вычеслений

Как?