...если чёрный дыры не отражают свет, как учёные знают - где именно находятся эти аномалии?

по их излучению

На одной картинке с черной дырой, черная дыра стягивает вещество с близжайшей звезды. Черную дыру не видно, но поглощаемое ей звездное вещество светится, видно как оно закручивается вокруг черной дыры.

Зато они втягивают окружающее вещество, межзвёздный (и звёздный) газ, - и вот оно разогревается так сильно, что светится. Причём очень характерным светом. Вот по свечению падающего в Дыру газа их и обнаружили.

Черная дыра не излучает и не отражает, но в ее окрестности образуется свечение, непохожее на свет звезд или спутников.
На картинке показана черная дыра, находящаяся рядом со звездой (голубым сверхгигантом) . Вещество звезды перетекает в черную дыру, в результате образуется светящийся аккреционный диск. Перпендикулярно оси вращения диска формируются две струи из заряженных частиц гамма квантов высокой энергии. Саму черную дыру рассмотреть нельзя, но обнаружить ее присутствие в рентгеновский и гамма телескоп можно.

а они и не знают где они находятся. черные дыры пока существуют только в теории. обнаружение их крайне затруднено из-за из малых размеров и отсутствия регестрируемого излучения. о их наличии можно судить по гравитационным эффектам, например в системе плотной звездной пары. такие наблюдения уже есть, но их достоверность требует проверки

Перспективным стоит считать метод поиска в котором чёрная дыра входит в двойную систему "чёрная дыра - звезда", при этом будет со стороны выглядеть будто звезда вращается вокруг пустого места ...
Так же имеет смысл искать дыры в газово-пылевых туманностях при этом газ и пыль при падении в дыру будет сильно излучать в рентгене и инфракрасной области спектра .

ну так работают на контрасте

черные дыры исследуются в радиодиапазоне и инфракрасном диапазоне. а визуально черную дыру теоретически можно различть по искривлению пространства поблизости