Возможно ли вырезать в листе материала (без разницы какого) отверстие подходящее под форму определенной молекулы ?

Под форму? Или все же под размеры?)) )
Молекулы - штуки подвижные... Изгибаются, растягиваются, сжимаются.. .
Так что форма их весьма изменчива.. .
А "вырезать" на молекулярном уровне кое-что все-таки можно.. .
Учёные сделали ножницы для молекул.

Сомнительно, бо моекулы уж больно разные по размеру. Молекула воды, к примеру, вообще мало отличается по размеру от атома кислорода, а молекулу ДНК так и под обычным микроскопом можно разглядеть. Так что тут надо подходить конкретно.
Вообще, по ходу, вот так, чтобы ВЫРЕЗАТЬ, - всё-таки вряд ли. Разве что методами атомной силовой микроскопии или (пофантазируем... ) атомного силового электрофореза. Разрешающая способность а. -с. микроскопа - действительно отдельные атомы. В нём используется сверхострая игла. Теоретически можно себе измыслить систему, в которой такая игла является анодом, сам материал, в котором надо дырку проделать, - катодом, ну и дальше обычный электролиз. Только иглы придётся менять после каждого отверстия. И остаётся открытым вопрос о толщине материала/глубине отверстия.
Если же надо СФОРМИРОВАТЬ такие калиброванные отвертстия (то есть нужен результат, а не процесс) , то в некоторых случаях это легко делать, если такие молекулы СНАЧАЛА засунуть в оный материал, а ПОТОМ из него сделать лист и эти молекулы оттуда удалить (например, они и только они, но не сам материал матрицы, растворяются в определённой шняге).

Почему нет.. . Если молекула большая, а материал - тонкая металлическая или оксидная плёнка - то микроэлектронными методами, какой-нибудь электронно-лучевой или атомно-силовой литографией - пожалуйста. Там сегодня достигнуты нанометровые точности...

в химической промышленности уже давно используются фильтры мембранные. Фильтр делают из сплава 2 металлов, затем один растворяют величина пор образующих при травлении на пример сплава меди и цинка в зависимости от количества в сплаве цинка может быть со измерима величиной его атома. с помощью таких фильтров производятся разделение газов или жидкостей

Лет 20 назад эту проблему решили. Ядерные мембраны делаются из металлической и/или лавсановой пленки. Отверстия пробиваются пучком электронов.

Если вырезать под микроскопом то да