Как изменится вид человека проживающего на протяжении многих поколений3000 л при плохом освещении (сумеречное освещение.

Никак не изменится. Механизм естественного отбора в цивилизации не работает. Это в дикой природе признак наследуется так как он жизненно важный. А сейчас с нашим уровнем медицины не то что уникальные люди живут, но и больные спидом способны рожать здоровых детей.

Ну если допустим взять пещерных людей, которые живут в дикой природе без медицины, то есть большая вероятность, что зрительные органы станут атавизмом. Например, клетки сейчатки, которые регистрируют свет цветного спектра полностью деградируют и выйдя на свет человек (если не ослепнет) будет всё видеть с дальтонизмом.

3000 лет - маловато будет. Ну, может исчезнет пигментации кожи (а может и не исчезнет, если девкам будут нравиться смуглые мачо). Ну может станет немного больше палочек-колбочек в сетчатке.

Насколько помню, самые маленькие глазные яблоки - у негров. Поэтому они в сумерках плохо видят (страдают "куриной слепотой"). Но на экваторе сумерки длятся недолго. День и ночь там сменяются быстро.

И наоборот, самые большие глазные яблоки - у эскимосов. Они могут видеть во время полярной ночи.

Для такой перестройки зрения нужно, минимум, 500 поколений или 500х20=10тысяч лет. Вроде.

http://compulenta.computerra.ru/archive/anthropology/624676/

глаза будут другими, цвет кожи изменится

Срок маловат конечно, потребуются сотни тысячелетий. И потребуется очень постепенное изменение внешних условий.
Но прогнозировать результат можно: изменения будут идти по направлению к уже существующему, похожему по среде обитания ночному виду животных.

как фалмер)