Кто первый выдвинул теорию о бактериях? Как сразу её приняли ?

Вот это ответы! М.. да...
Это был Луи Пастер, (иногда пишут Пастор).
Он ошибался только в том, что брожение вызывают микроорганизмы которые можно назвать бактерии, брожение вызывают чаще всего грибы. Его поддержал Роберт Кох, и именно Роберту Коху отвели звание первого микробиолога . И все таки саму теорию предложил первым именно Луи Пастор. В 1905 году Роберт Кох получил за бактериологическую теорию Нобелевскую премию .Исследуя туберкулез он обнаружил бактерию, вызывающую болезнь и обосновал тем самым возникновение не только туберкулеза, но и многих других болезней. Но первым эту теорию выдвинул Луи Пастор А само название - бактерия ввел Кристиан Эрнберг в 1828 году. В микроскоп, который сам и сконструировал для исследований, первым бактерии увидел Антон Левенгук .
Так что сначала родилась теория - предположение, а уж потом бактерии открыли.
Но если быть придирчиво точным, то впервые предположение о том, что существуют какие то невидимые организмы, которые вызывают болезни, высказывали еще врачи древности, в частности Гиппократ.

какая теория, когда их в микроскоп увидели?

Нет такого понятия, как теория о бактериях. Впервые микроорганизмы описал Левенгук, их свойства изучали Пастер, Дженнер и т. п. Это был долгий процесс, и в нем принимали участие множество ученых. Принимали тоже по-разному, смотря какой аспект иметь в виду. Работы Пастера приняли спокойно, работы Дженнера - неоднозначно.

Во первых это не теория. Впервые голандский естествоиспытатель Антоний Ван Левенгук изготовил примитивный микроскоп и в него увидел бактерии, которые были выращены на отваре обыкновенного сена. Эти бактерии он назвал сенными палочками. После этого и начали рассматривать и изучать воочию живых бактерий.