Если в теории есть нестыковки, противоречия, несоответствия реальности можно ли её забраковать?

не теория сотворения, а гипотеза сотворения

Этого недостаточно.
Даже если в теории есть нестыковки, ее нельзя просто выбросить, покуда в ней есть СТЫКОВКИ. Они ведь тоже чего-то стОят, верно? А нестыковки могут объясняться нехваткой данных или несовершенством измерений.
Другое дело, когда теория объясняет вещи ХУЖЕ, чем они объяснялись без нее - тогда такая теория бесполезна совершенно. В частности, происхождение Вселенной объясняется без бога намного полнее и логичнее, чем с ним. Добавить к этому упомянутую тобой уйму противоречий фактам - и готов вывод: "библия - ложь".

Конечно, нет. Это не теория.

Можно забраковать, можно не забраковать, можно частично забраковать.
Теория, это инструмент, созданный для определённой цели. Неплохой пример - форма Земли. Для неё мы (человечество) используем несколько разных теорий.
1. Строитель, который проектирует дачный домик, считает Землю плоской и обращает внимание только на топографические особенности местности, на шарообразность Земли ему плевать.
2. Инженер, проектирующий туннель в пару километров, учитывает шарообразность Земли, иначе у него туннель не туда вылезет, или посередине лужи образуются, или ступенька, в общем, какая-нибудь фигня получится.
3. Картографы, составляющие высокоточные карты, учитывают, что Земля не шар, а геоид.
Короче говоря: используют ту теорию, котрая позволяет делать расчёты с той точностью, необходимой для конкретной задачи.

А вот сотворения мира, это вообще не теории. Максимум, при буквальном их прочтении, тянут на гипотезы, к тому же давно опровергнутые. Если же смотреть на них аллегорически, то они вообще не относятся к наукам: тогда их даже проверить невозможно.

Можно. Только в библейском варианте нестыковки отсутствуют априори - т. к. сотворение мира является чудом, а не результатом действия обычных законов природы.

если теория противоречит законам реальности, то это не теория

Любую теорию, чтобы она имела место быть, надо доказать, если доказательств нет реальных, значит это бред из сказки

Вообще изначально выдвигается не теория, а гипотеза.
Если идеи выдвинутые в гипотезе подтверждаются, предсказания сбываются, противоречий не возникает, то гипотеза заслуживает стать теорией. Если возникают противоречия или не работают предсказанные гипотезой явления или события, то гипотезу нужно пересматривать.