Геномы двух людей совпадают на 99,9%. Что значит эта фраза?

Что они однояйцевые)

реально - ничего. надо спрашивать у того, кто говорит это.

то ли весь геном до буквы сравнили (тогда что-то многовато совпадает), то ли только "рабочие" гены, не считая мусор, то ли обычный криминаистический анализ по десятку выделенных локусов (все между генами, чтобы изменчивость была высокой)

Когда проводят сравнение геномов, то учитывают совпадение всей нуклеотидной последовательности ДНК без разделения на функциональные гены, структурные и мусорные участки.

Это значит, что в человеческом организме синтезируется очень много похожих (а часто и вообще идентичных) белков и ферментов. В ДНК кодируется лишь то, из чего мы должны состоять, и небольшие отличия в работе этих белковых фабрик дают нам какие-то уникальные внешние и физиологические отличия от других людей. Разумеется, все мы особи одного вида, поэтому состоим из одинаковых кирпичиков, различия крайне незначительны, - настолько незначительны, что не мешают нам жить... хотя, кому-то мешают жить, но это не на долго...

Пишут, что именно на эту цифру (ну или чуть меньше) геномы человека и шимпанзе совпадают. А Вы: "геномы двух людей"

Кто говорит, того и надо спрашивать - что он там сравнивал. Хотя вряд ли мусорные участки сравнивают - у нас как раз по ним заметный разброс. Они же не рабочие, поэтому мутации в нерабочих участках никак не отсеиваются, копятся постоянно.
Да и вряд ли кто-то будет всю ДНК сравнивать - больно большая работа. Берут участки и сравнивают, на основании этого делают выводы.

Думаю всю ДНК.