Почему материя которая пустая на 99,99% имеет массу имеет плотность выше воздуха?

атом уже давным давно не представляется похожим на солнечную систему :) Хотя бы потому, что электроны в атомах уже давно не представляются летающими вокруг ядра шариками. Вокруг атома есть лишь электронное облако - пространство, по которому "размазаны" электроны этого атома.

Насчёт невозможности ходить через стену - это электромагнитные эффекты. Вы не можете пройти через стену не потому, что ядро одного атома упёрлось в ядро другого (это бы запустило ядерную реакцию и разрушило бы оба атома образовав новые). А пройти Вы через стену не можете потому, что когда атомы оказываются очень близко друг к другу, то начинают отталкиваться, и это и создаёт ту противодействующую силу, не позволяющую Вам преодолеть стену несмотря на то, что если бы Вы прошли её насквозь, то вполне вероятно ни один атом Вашего тела даже не соприкоснулся бы ни с одним атомом стены (я имею ввиду их ядра, разумеется).

Ну а насчёт массы, сейчас считается что телам её сообщает такая частица, как Бозон Хиггса. Именно взаимодействия с этой частицей другие частицы приобретают массу.

Плотность - электромагнитное поле. Массу - хигговское поле.

Это очевидно же - вашими словами и отвечу....

Потому что другая материя, которая является воздухом, является "пустой" на еще большее количество процентов, чем та, которая по-вашему пуста на 99,99%.

какая разница, как расположены имеющие вес частицы? просто практически вся масса сосредоточена в ядрах – но это видно только при очень больших увеличениях:
всё равно как на экране издалека кажется, что картинка гладкая, а вблизи видны пиксели-точки, и между ними пространство (особенно на огромных экранах для улицы).

в кубометре воздуха содержится в миллионы раз меньше массы /частиц /ядер, чем в кубометре камня, потому что настолько же больше расстояния между атомами.
и если убрать всю пустоту и оставить только "ядерное вещество" (как в нейтронной звезде), то кубометр "сжатого воздуха" действительно будет в тысячу раз меньше аналогично "сжатого камня" – и оба "экстракта" окажутся с кубометра меньше миллиметра.

ну а сплошность, твёрдость и упругость материи дают межатомные связи.
очень просто: представь проволочный каркас: несмотря на то, что два каркаса практически "состоят из пустоты", невозможно просто просунуть один каркас через другой, ничего не погнув – т. е. связи между атомами прочны, и именно они определяют форму объекта, а разрушение формы = разрушение объекта

т. е. технически возможно просунуть кошку через щель в 1 см, просто очень трудно будет то, что будет просунуто, потом опять сделать живой кошкой :)