может ли фотон терять энергию от сопротивления среды?

Конечно.
Называется Черенковское излучение.

Эффе́кт Вави́лова — Черенко́ва, эффе́кт Черенко́ва, излуче́ние Вави́лова — Черенко́ва, черенко́вское излуче́ние — свечение, вызываемое в прозрачной среде заряженной частицей, движущейся со скоростью, превышающей фазовую скорость распространения света в этой среде.

ЗЫ====================но на самом деле, всё значительно сложней. ===
предположение получило название − гипотеза
«усталого света». В то время наблюдательных данных, подтверждающих гипотезу «усталого света» не
было, за исключением того, что в рамках модели Стационарной Вселенной, которой в те годы
придерживались многие астрономы, объяснить красное смещение всех спектральных линий галактик
можно было только с помощью гипотезы «усталого света». Но, к сожалению, впоследствии факт
увеличения красного смещения спектров галактик с увеличением расстояния до них был истолкован как
следствие расширения Вселенной после её образования из сверхплотного сгустка вещества. В настоящее
время, подавляющее большинство астрономов считает, что красное смещение спектров галактик имеет
доплеровскую природу.
Но, оказалось, существуют факты, вступающие в противоречие с такой интерпретацией красного
смещения. К настоящему времени накопились наблюдательные данные, которые свидетельствуют о
необычном поведении электромагнитного излучения галактик, радиогалактик, квазаров, гаммавсплесков, сверхновых звёзд, ультракомпактных карликовых галактик и очень слабых карликовых
галактик, находящихся в окружении Млечного Пути. Эти наблюдательные данные можно объяснить
только потерей энергии фотонами при взаимодействии их со средой (аналог физического вакуума), в
которой они движутся. Более того, на основании этих наблюдательных данных стало возможным
изучение некоторых свойств фотонов, которые в лабораторных условиях изучить невозможно, так как
заметные изменения параметров фотонов (частоты, энергии, мощности потока) можно измерить только
у потоков фотонов, прошедших огромные (межгалактические) расстояния.

Фотон не испытывает сопротивления среды. У него всегда скорость одна и та же. В любой среде и на любом расстоянии.

Хороший вопрос!
его бы нашим учёным в уши...
не может быть движения через среду без потери энергии!

Может, за счёт неупругого рассеяния фотонов на атомах

Скорость света в среде снижается, длина волны увеличивается, а частота не изменяется. А т. к. E=hv, где E - энергия и v - частота => энергия не изменяется.

Фотон не теряет энергию, когда взаимодействует с атомами - системами частиц.
Фотон теряет энергию при взаимодействии со свободными частицами, и то если это достаточно энергетический фотон. См эффект Комптона.
Связано это с тем, что высокоэнергетический фотон теряет свои волновые свойства и перестает интерферировать на взаимодействующих с ним частицах.
Так как среда состоит из атомов, то проходя такую среду, фотон энергию не теряет.

от неупругого рассеянмя

А кули нет, существуют прямой и обратный эффекты Комптона.
Фотоны можно разгонять и замедлять... в смысле изменения энергии-импульса, конечно. Поштучно.

Ну а когда этих фотонов вагончик и маленькая тележка, и ты наблюдаешь статистический эффект от всей этой кутерьмы на входе и на выходе, то у черного ящика песередине вообще огромная свобода действий.

А почему формула E=mc^2 сущесвовать может, а E=km/R^2 k=1в системе сгс, а R -сопротивление среды вакуума нет?