Могут ли быть разные гаплоидные группы у отца и сына? Объясните.

Да. ПРАВИЛЬНО!!!
У прямых родных (родитель–дитё), анализ гаплотипа может быть разный.
При наличии одних и тех же кодонов (участков гена, кодирующих конкретную аминокислоту) и 50%‐й (досталось от обоих родителей) последовательности генов (ген — участок хромосомы, кодирующий конкретный белок), может быть ИХ РАЗНАЯ ЭКСПРЕССИЯ. Этот механизм, не путайте с рецессией и доминированием генома!
При всём этом, анализирование активности (экспрессии) гаплотипа проводится не по ядерной (нуклеарной) ДНК — ГЕНОМ, а по митохондриальной — ПЛАЗМОН.
А, как известно, что хоть и сам "набор", наследуется от обоих родителей, но ключевая АКТИВНОСТЬ плазмона происходит от предков, по женской линии (т.е., та, неполная часть, всё же, совпадающая с отцом, досталась от его матери (Вашей бабушки)).
Тут, ещё, несколько факторов, но я изложил основные..!

50% аллелей (не считая мутаций) должны встречаться у отца. Вот на мутации и повреждения при анализе 1% и идёт. Остальные 50% должны встречаться у матери.

Да..

Да, в теории возможно, что у отца и сына могут быть разные гаплоидные группы. Гаплоидные группы определяются наличием определенных аллелей на хромосомах, и их состав наследуется от родителей. Отец и сын могут иметь разные комбинации аллелей на своих гаплоидных группах из-за случайного распределения генетического материала во время мейоза, процесса, при котором образуются гаметы (половые клетки) с гаплоидным набором хромосом.

Если ДНК-тест показал 99,99% вероятность родства между отцом и сыном, это означает, что вероятность их родства очень высока. Однако, наличие разных гаплоидных групп у отца и сына не является определяющим фактором их родства, так как гаплоидные группы могут варьироваться даже между родственниками первого степени, из-за случайных изменений в генетическом материале.

какие группы?