Что значит "Автомобиль переоборудован на заводе"?

Именно заводы, не занимаются переоборудованием. Переоборудованием занимаются аккредитованные представители завода и СТО.

Переделывание например седана в кабриолет, это полноценное переоборудование ТС.
Для справки. НАМИ, еще не одному авто не дал разрешение пилить крышу и варить каркас.

снятие крыши?
если изначально такой опции не было в модельном ряде, то и завод такое делать не будет

ну вот взяли буханку и переоборудовали её в мед-буханку
только это на сколько я знаю делает вообще другая компания, а не завод

вроде камазы на метане сразу на заводе собирают, пазики с ГБО

Смотря, где именно вы эту запись читаете.

Переоборудовать автомобиль может, кто угодно и дедали это в свое время повсеместно, где возникал такой интерес, будь то в рамках необходимости или потребности в техническом творчестве. Сечас количество подобных "переделок" существенно сократилось, но, не до 0.

Вопрос здесь не в том, кем были внесены изменения в конструкцию, а в том:
1. каков обьем и характер данных изменений;
2. соответствовала ли измененная конструкция "требованиям безопасности конструкции т/с";
3. какой документ был оформлен ("одобрение типа т/с", например, для малой серии, или свидетельство о соответствии требованиям безопасносности конструкции т/с в отношении единичного экземляра т/с")...

НАМИ - не единственная в РФ (и, тем более, в ЕАЭС) организация, уполномоченная по проведению технических исследований с целью выдачи подобных свидетельств.