что делать если клиент оплатил безналичным расчетом услуги, а оплата не прошла?

Это Ваша ошибка - не посмотрели в чек. Это то же самое, как если бы была оплата наличными, а вместо денег клиент дал бы Вам фантики и Вы их вложили бы в кассу. Правомочны (формально) требования руководства, чтобы Вы оплатили эту сумму.
Бывают случаи, когда можно через банк оспорить ошибочную операцию. Например, у нас было два случая, когда продавцы вместо операции "оплата" ошибочно нажали на терминале "возврат". Ошибку обнаруживали вечером при закрытии смены. В одном случае с клиента удалось спасать средства (по заявлению руководителя в банк-эквайер), в другом случае списали, но клиент оспорил - вернули снова ему, как объяснили в банке, банк не имеет права требовать с клиента из-за ошибки продавца, клиент остался и с товаром, и с деньгами. Деньги удержали у продавца, допустившего ошибку, причем не всю сумму, а по себестоимости товара (руководители бывают не звери).
Попробовать написать заявление можно, но это должен делать руководитель или главный бухгалтер, но не в банк клиента, а в банк, чей у вас терминал. Странно, что руководитель отказывется, нужно помогать сотруднику, если он ошибся. Тупо требовать деньги - это неправильно.

Напишите заявление в банк клиента с просьбой о безакцептном списании средств с любых счетов этого клиента. В любом другом случае ничего сделать уже нельзя.

Такая Вы интересная! Если сможете связаться с покупателем и попросить еще раз - тогда надейтесь на его доброту и совесть. В России так - если ты не можешь быть внимательным, то не стоит работать там, где нужна эта внимательность. У меня была такая ситуация, но я ее обнаружил и поехал в магазин отдавать 2000 рублей. В ваших ошибках никто не виноват.