Почему Наполеон пошел именно на Москву, а не на Санкт-Питербург, ведь Питер был ближе и в то время был столицей

Он и пошёл на Питер, свернув в районе Витебска на Полоцкую дорогу и затем на Опочку. Но в районе деревни Клястицы, по мому, Россонского района, столкнулся с гусарским и казачьим арьергардом, где в кровопролитнейшем суточном сражении был разбит ( Бородино отдыхает ) . Река, заваленная трупами людей и лошадей вышла из берегов и снеса мост. Вот только генерал, командовавший этой русской армией был в опале у царя. Поэтому его даже не наградили и постарались побыстрее забыть.
Остатки отборной армии Наполеона вынуждены были отступить и повернуть на Москву.

Наполеон I.: "Если я займу Киев – я схвачу Россию за ноги. Если я возьму Петербург –
я возьму ее за голову. Заняв Москву, я поражу ее в сердце. .."
Однако Цель похода Наполеона была не Москва летом 1812г, сначала поход назывался "Литовским", была цель завоевать Литву и заключить Мир на новых условиях с Александром Первым, если бы Алекандер согласился - Москва осталась бы цела. Мир предролагал объединение усилий против Британии и ее колоний.
А Главной целью Наполеона с самого момента утверждения у власти была ликвидация очень давнего и очень сильного врага Франции - Британской империи. В 1805 году планировалась масштабная высадка десанта на острова - для этого был организован Булонский лагерь. Однако английская дипломатия вовремя сколотила антинаполеоновскую коалицию на континенте, вражеская армия двинулась к границам Франции, от высадки десанта пришлось отказаться. И хотя коалиция 1805 года была разгромлена очень быстро, время ушло. Потом была Трафальгарская битва 1805 года - Франция осталась без флота, какой уж тут десант. Континентальная блокада 1807-1808 годов результата тоже не дала, потому что всем остальным странам, кроме Франции, от нее были одни убытки. Осталось одно - лишить Британию ее колоний.
К 1812 году в союзе с Наполеоном была вся Европа. Наполеон предполагал сделать Россию тоже своим союзником, а дальше - отправиться в поход в Индию.

Вот только не надо говорить, что Наполеон пошел на Питер. Бородино не отдыхает по сравнению со сражением под Клястицами. Даже сравнивать нельзя.
В ответе Oskar приведена известная фраза Наполеона, объясняющая, почему он пошел именно на Москву

Потому что вся наша история в нынешней трактовке - ложь, о действительных целях Наполеона нам никто не расскажет, пока мы сами не найдем истину

Хотя и Санкт Петербург являлся главной культурной столице нашей страны Наполеон выбрал именно Москву, потому что там были сосредоточены все основные силы боевых единиц.