По умолчанию флэшки форматируются в FAT32, а NTFS нет даже в списке для форматирования. При этом для флешки стоит политика - оптимизировать для быстрого извлечения. Если же поставить политику для выполнения, то, во-первых, ее нужно будет извлекать только безопасным извлечением, а во-вторых, появится возможность форматировать в NTFS.

Ну и, конечно, в любом случае не стоит выдергивать флэшку во время операций записи/чтения.