Я, конечно, понимаю, что это очень ламерский вопрос.. . но почему я устанавливаю программы на диск D, а место уменьшается

А потому что говнище накапливается тут (странно, что никто этого не сказал) :
- во временных папках %temp%, %userprofile%\temp. Очисти эти папки и очень сильно удивишься.
- точки восстановления съедают немало, удали все старые. Тоже удивишься.
- в папке со скачанными обновлениями ОС %windir%\SoftwareDistribution. Чистить лучше утилитами, например, Wise Care.

Над комментом Сергея Нечепуренко по поводу установки игр на системный раздел поржал. Вот играм там как раз делать и нечего.
Коммент Сектора - вообще шедевральный. В плане глупости.

Программа не все свои файлы устанавливает в ту папку в которую ты ей скажешь, некоторые файлы программа должна хранить где-нибудь типа Program Files на диске C

потому что изначально надо оставлять больше места на диске С и ставить программы туда. не знаю кто и когда придумал эту чушь (установку игр и программ на раздел D) . вырезать и вставить можно ваши файлы. файлы программ и системные файлы нельзя.

почему я устанавливаю программы на диск D, а место уменьшается на диске С?
-Потому как если устаналиваемая программа имеет такие вещи как shared dll (а это 99 % програмного обеспечения) , то он складывает эти модули в папку виндовс, так устроенна система и это не победимо.

И можно ли файлы с диска С просто "вырезать-вставить" на D без потерь?
-Нельзя.

потому что система обращается в первую очередь к диску С в нем хранится часть программ важные такие ак ЕХЕ файлы эта часть програм находится в системных файлах скрытых папках для быстрого отклика программы

Нельзя так делать. Все правильно. На Д и С так и должно уменьшаться

А может ты загружаешь программу на диск D, а устанавливается она на диск C? Это ведь разные вещи.

На диск С приходят обновления от майкрософт и все вирусы тоже в ее программе оседают.

можно