В чем разница протоколов эл. почты pop и imap

Основное отличие заключается в том, что письма по протоколу POP скачиваются на компьютер, а по протоколу IMAP хранятся на сервере.
Преимущества хранения писем на сервере заключаются в том, что все ящики всегда полностью синхронизированы, т. е. если Вы прочитали какое-либо сообщение, то и на всех остальных компьютерах оно будет отмечено как прочитанное, все сообщения всегда доступны, в том числе и отправленные. Это очень удобно в том случае, если Вы пользуетесь больше чем 1 компьютером.
Также, как тут верно заметили, существенно упрощается управление почтой, на сервере можно создавать различные правила и письма будут фильтроваться автоматически.
Насчет бОльшей защищенности - вывод не настолько очевидный.
Тот же самый протокол POP можно организовать и через SSL, т. е. POP-S.

IMAP обеспечивает большую защищенность, а также позволяет управлять почтой на сервере не качая ее (например убрать спам или длинные вложения) такж можно создавать каталоги и делать разные другие вещи...

IMAP предоставляет пользователю богатые возможности для работы с почтовыми ящиками, находящимися на центральном сервере. Почтовая программа, использующая этот протокол, получает доступ к хранилищу корреспонденции на сервере так, как будто эта корреспонденция расположена на компьютере получателя. Электронными письмами можно манипулировать с компьютера пользователя (клиента) без постоянной пересылки с сервера и обратно файлов с полным содержанием писем. Для отправки писем используется протокол SMTP.

Конструкция протокола РОРЗ обеспечивает возможность пользователю обратиться к своему почтовому серверу и изъять накопившуюся для него почту. и потом обрабатывать ее офлайн