почему кофе-ОН,а не оно?

Действительно, обрусев, такие слова со временем меняют род, для нашего слуха средний род для подобных слов естесственнней. Но это долгий процесс. Когда-нибудь "кофе - оно" станет нормой, и к этому надо относиться спокойно. Но пока норма "кофе - он". В словарях пока кофе - он, хотя в некоторых уже "оно" фигурирует в качестве допустимого. Но солидные словари пока с этим не спешат. А в интернете можно найти что угодно, любые взаимоисключающие утверждения.
А почему вообще возникло это "он" - конечно, потому, что был "кофей" или "кофий". Форма слова изменилась, а род пока ещё нет. Но всё идёт к тому.

Потому, что он-иностранец, и правилам русского языка не подчиняется.

Так принято в русском. Верьте! ))

потому что напиток, хотя нет

Признаком псевдоинтеллигентности является замечание «кофе — он» . Обычно так говорят люди, не замечающие настоящих ошибок в речи.
Мужской род бедному напитку достался от устаревших форм «кофий» или «кофей» . К примеру, до войны слово «метро» тоже было мужского рода (потому что метрополитен — он) , в газетах писали: «наш метро» .
В ботанике растение кофе — оно. Мужской род не делает напиток из зерен кофейного дерева более благородным, чем, скажем, напиток из бобов какао.
«Кофе — он» — такая же глупость и архаика, как январское отмечание рождества «по старому стилю» .
Кофе должно быть среднего рода.

к слову кофе правильно применять как местоимение "он", так и "оно"

Потому что слово пришло не из русского языка, а из какого-то другого языка.. .
в общем это что-то типа "иностранное" слово!