почему практически всех правителей называют по фамилии, а Наполеона по имени

По фамилии? Хмм. не помню ни одного. В англии генрихи и карлы. во франции людовики и карлы. и в германии, и в швеции, и в россии всех по именам звали.

По фамилии называют разве что президентов, а королева - Елизавета, император Николай, король Хуан-Карлос, да и принц Чарльз.
Во времена французской революции он демократично начинал карьеру под фамилией Бонапарт. Вот когда он покончил с демократией и короновался, то назвался именем, Наполеон I. Были ведь и другие.
В русском обществе, как известно из литературы, его принципиально не желали называть Наполеоном, имея в виду, что он не голубых королевских кровей, а выскочка, и звать его надо по фамилии, Бонапарт.
В том, как кого и что называть, есть глубокий дипломатический смысл - признаем мы притязания человека или государства или нет.

Пётр 1, Екатерина 2 - тоже по имени. А Иван Грозный - вообще по прозвищу.

Наполеон - получил нумерацию, как все монархи .
( напр. : Карл I, Карл V ) . Он сделал себя императором Наполеоном I, а когда был генералом - он был - Бонапартом !
Брежнев - генсек, а не Леонид ..

Если я правильно понимаю, то имечко у него Бонапарт. А Наполеон-таки фамилия

Тяжело произносится ?

Его имя как фамилия)))