Помогите с запятыми.

Роман пишете? Думать о пунктуации при этом, безусловно, нужно.

Соглашусь с тем, что В КОНЦЕ КОНЦОВ в данном предложении не вводная конструкция (ВК), а обычное обстоятельство, то есть член предложение в отличие от ВК, и обособления, то есть выделения запятыми с двух сторон, это обстоятельство не требует. Но это ещё не всё. Ваши прилагательные в конце предложения поданы как однородные сказуемые, благодаря и союзу И, и (это главное) общему для них глаголу-связке были. Сказуемые здесь составные именные (глагол-связка + именная часть). Так что между первым и вторым однородными членами надо поставить запятую:

Солнце в конце концов стало полноценным хозяином комнаты и решительно, даже немного нахально, озарило своим светом лицо юноши, и тот открыл глаза, которые были зелёными, умными и целеустремленными.

Но надо думать и о содержании, о стилистике. Зелёные глаза – это понятно, умными глаза тоже называют, имея в виду прежде всего выражение глаз (метафора как художественное средство, правда, не яркая метафора, а стёртая), а вот целеустремлённые глаза – это что? Куда ж они у Вас «целеустремились»? Ясно, что такую характеристику глаз оставлять в произведении нельзя. Так что предлагаю чуть сократить предложение:

Солнце в конце концов стало полноценным хозяином комнаты и решительно, даже немного нахально, озарило своим светом лицо юноши, и тот открыл глаза, которые были зелёными, умными. (Опять же запятая необходима ибо глагол-связка делает эти прилагательные именной частью сказуемого, следовательно, это однородные члены).

Но и такое предложение не годится: слишком тяжеловесна для произведения художественного его концовка (глаза, которые были зелёными, умными). Поэтому предлагаю сократить предложение, ликвидировав в нём последнее придаточное предложение (оно начинается со слова который). Вот так:

Солнце в конце концов стало полноценным хозяином комнаты и решительно, даже немного нахально, озарило своим светом лицо юноши, и тот открыл умные зелёные глаза. (вот здесь уже прилагательные однородными членами не являются, потому что прилагательное ЗЕЛЁНЫЕ относится к существительному ГЛАЗА, а прилагательное УМНЫЕ – к словосочетанию ЗЕЛЁНЫЕ ГЛАЗА).

"В конце концов" выделять запятыми не нужно.

это легко же