Что делать в случае конфликта с преподавателем?

Надеяться что тетрадь найдётся и всё само решится.
Конфликтовать с более сильным себе дороже. В ситуации препод - студент/ученик, сильный разумеется препод.
Можно проявить силу - подойти и красиво напеть, что так и так, всё обыскала не можешь найти, не знаешь что делать. такое сработает хорошо, если подобрать слова и момент.
Можно просто забить и смириться.
Если решишь повоевать в деканате - тоже нужно всё красиво и красочно рассказать, как точно помнишь что тетрадь забрала она, что есть тому свидетели (например твоё присутствие на паре, когда собирались тетради уже является док-вом), расскажи как она орала и ругалась на тебя, свидетели опять будут кстати. Но это плохой вариант, даже его лучшая развязка тебя не устроит.
Не нужно забывать, что тебе нужна оценка. Поэтому, плясать советую исходя не из этой ситуации, а из того, что тебе нужна оценка.

Дать по морде

Не заводись, себе дороже будет. Она сама потом разберется. И причина грубости скорей всего не в тетрадке. Да, да, тетрадка просто повод.)

в декан пожалуйся

Если сильно нагрубила- ОСКОРБИЛА, то просто НУЖНО идти в милицию с родителями или братом и писать заявление на моральное публичное оскорбление со стороны препода, возместить моральный вред и просьба публично извинится перед тобой. Это стандартная просьба в таком случае.

В любом случае если даже контрольная была не сдана, она не имела права повышать на тебя голос, и тем более оскарблять.

Что касается судьбы контрольной то тут ничего не поделаешь-порядка как в институте в школах нет (там их перед тем как сдать -регестрируют) ничего не поделаешь, придётся писать снова.