Вредно ли много сидеть за компьютером?

В общем случае - да. Зрение во-первых портится. Динамические картинки с имитацией заднего плана не слишком естественная вещь для текущей версии человека.
Память и интеллект тоже лучше не становятся, как бы там не писали в статейках про запоминание игровых моментов, мелкой моторики в шутерах и т. д. Избирательность памяти в играх тренируется не на то что нужно. Т. е. память тренируется, конечно, но внимание обращается не на то на что стоило бы. Получаем багаж абсолютно бесполезных знаний в памяти, которые до кучи путаются с реальностью (особенно у детей).

Однако, всё сильно зависит от игры, хоть и 8-9 часов явно многовато. Современный игрострой на 99% состоит из пустышек. Беги стреляй, прыгай, развивай базу - пустое занятие. Но есть игры развивающее и память и интеллект. Но кто в них играет вообще? Взрослые играют. Это всякие головоломки, игры завязанные на творчество или обучение. Но проблема в том, что в них не играют по 8-9 часов и вообще долго не играют. Скажем, симулятор, обучающий программированию на С++..ну, ладно, фанат будет сидеть там по 8-9 часов, потом научиться и перейдёт на реальную среду разработки. Всякие творческие песочницы тоже не надолго - вкусив творческий момент, люди переезжают в графические редакторы и CAD-системы. Т. е. это игры-популяризаторы.
Ну или банальные шахматы и другие игры, развивающие память и мозги. Ну кто играет по 8-9 часов в шахматы на ПК? Играют в бегалки-прыгалки с управлением на 5 клавишах. Это не есть полезно.

пространственное изображение с плоского предмета, тем более такое длительное время вредно для зрения

смотря во что играешь

Вообще за компом можно сидеть максимум только 2 ч. в день (взрослым). Ну а 8 - 9 ч. это уже перебор, во - первых: минус зрению, а во - вторых: так и свихнуться можно)