Хочу поменять имя в паспорте. Нужно ли его менять загранпаспорт тоже?

Конечно нужно менять и загранпаспорт.
Еще вы будете менять водительское удостоверение, сообщать об изменении имени в налоговую инспекцию (там специально для вас выделен специальный идентификационнй номер ИНН) - вам выдадут новое свидетельство ИНН, в пенсионный фонд (выдадут карточку пенсионного фонда) , (в дипломах, свдетельствах о праве собствености, свидетельствах о рождении детей, о заключении\расторжении брака менять ничего не нужно, просто нужна будет справка которую выдают в ЗАГСе подтверждающая смену имени в случае возникновения вопросов у определеных организаций) , в организации с которыми у вас заключены какие-либо договоры (на горячее\холодное водоснабжение, электроснабжение и т. п. ) нужно будет написать уведомление об изменении ваших персональных данных - в вашем случае имени.

отметок никаких не будет вообще - загранпаспорт будет новенький и ехать можете и в ОАЭ и в Израэль (на выбор до смены нового паспорта) , кстати для того что бы получить новый загранпаспорт (без отметок) не обязательно менять имя.

Если все - таки отметки для чего то нужны - можно сделать копию загранпаспорта и заверить его в определенных законом органах- так ваша история пересечения границ сохранится.

Удачи.

с нуля, новый паспорт

Менять надо оба паспорта. Выданный паспорт будет чист. Фактически его придется сделать заново.

придется при смене имени менять не только паспорта, но иные документы, причем за свой счет (к примеру, страховое свидетельство, медицинский полис)