Бухгалтера и юристы!!!

Уважаемая Ольга Иванова.
Из содержания Вашего вопроса невозможно точно уяснить единственное значимое для корректного ответа обстоятельство. А именно: Было ли продаваемое имущество закреплено за каким либо муницпальным предприятием или нет?
Если на продавемое имущество было зарегистрировано права хозяйственного ведения какого либо МУПа, то есть, приватизировалось имущество МУПа, тогда требование ОМС об уплате НДС отдельным платежом в бюджет незаконно в силу подпункта 3 пункта 2 статьи 146 Налогового кодекса Российской Федерации.
Если же продаваемое имущество находилось в муниципальной казне (не было закреплено за каким либо МУПом на ПХВ) , тогда есть основания считать, что требования об уплате НДС в бюджет покупателем как налоговым агентом, обосновано. См. абзац 2 пункта 3 статьи 161 Налогового кодекса Российской Федерации. В данном случае используемая покупателем система налогообложения (УСНО) не имеет правового значения. Эта позиция подтверждается мнением, изложенным в Письме Департамента налоговой и таможенно-тарифной политики Минфина РФ от 7 июля 2009 г. N 03-07-14/64. (Текст письма опубликован в бухгалтерском приложении к газете "Экономика и жизнь", июль 2009 г. , N 29).

Однако, следует отметить, что по мнению того же Департамента налоговой и таможенно-тарифной политики Минфина РФ сумму НДС покупатель, как налоговый агент ОБЯЗАН ИСЧИСЛИТЬ расчетным путем из рыночной стоимости приватизируемого имущества. (см. например Письмо Департамента налоговой и таможенно-тарифной политики Минфина РФ от 23 июля 2009 г. N 03-07-11/175; Письмо Минфина РФ от 19 октября 2009 г. N 03-07-15/147).
Таким образом, требование об уплате НДС сверх цены, указанной в договоре, необоснованно.

Рекомендую ознакомиться с Определением Высшего Арбитражного Суда РФ от 16 июля 2007 г. N 7872/07.
Если вдруг решитесь совершить революции в правоприменении и вообще изничтожить практику уплаты НДС при приватизации недвижимого имущества,

Удачи