можно ли через прокуратуру арестовать счет должника юр.лицо.

если оно в стадии наблюдения то должен быть назначен временный управляющий который оставляет один счет для расчетов со всеми кредиторами и осуществляет контроль всех переводов по счету и он обязан не допускать действий по выводу активов с юр лица

если же вы имеете ввиду ситуацию когда в сду подано заявление о признании должника банкротом но определение об удовлетворении заявления и введении наблюдения еще не вынесено. в имеете право подать в суд ходатайство (к этому заявлению) об аресте денег на счете должника)

но вообще-то как правило заявление о признании должника банкротом подается когда действия пристава ничего не дали, а пристав при возбуждении исполнительного производства накладывает арест во всех 100% случаев

поэтому вопрос какой-то больше теоретический чем практический вы наверно задачу какую-то решаете?

прокуратура надзирает за соблюдением закона, полномочиями по аресту денег должника на счете она не обладает

что касается в принципе ситуации с выводом актвов должника, то я подавал о мошенничестве в милицию на должника (фирму скинули на номинала и перевели в москву на адрес массовой регистрации юр лиц) и дело направили к приставу для возбуждения уголовного дела по отношению к руководству должника о злостном уклонении от исполнения исполнительного листа

Через судебного пристава-исполнителя или заявление в суд о принятии обеспечительных мер и наложении ареста !
А в прокуратуру жалобу на действия суд/пристава

Это входит в компетенцию суда по имеющемуся в его производстве делу

Во-первых, арест налагается не на счет, а на денежные средства должника на расчетном счете (т. е. счет в отличие от денег не является имуществом) , а, во-вторых, полномочия прокуратуры по наложению ареста на денежные средства должника не предусмотрено Федеральным законом "О прокуратуре Российской Федерации".
Это прерогатива суда или службы судебных приставов-исполнителей.