Подскажите пожалуйста,как поступить, компания выполнила некачественно работу из моего материала фактически испортив его.

Вам в помощь подойдет статья 35 ЗоЗПП, в которой говорится, что если работа выполняется полностью или частично из материала потребителя, исполнитель отвечает за сохранность этого материала и правильное его использование.
Исполнитель обязан:
предупредить потребителя о непригодности или недоброкачественности переданного потребителем материала;
представить отчет об израсходовании материала и возвратить его остаток.

А вот теперь самое интересное:
В случае полной или частичной утраты (повреждения) материала, принятого от потребителя, исполнитель обязан в трехдневный срок заменить его однородным материалом аналогичного качества и по желанию потребителя изготовить изделие из однородного материала в разумный срок, а при отсутствии однородного материала аналогичного качества - возместить потребителю ДВУКРАТНУЮ ЦЕНУ УТРАЧЕННОГО (ПОВРЕЖДЕННОГО) МАТЕРИАЛА, а также расходы, понесенные потребителем.

Цена утраченного (поврежденного) материала определяется, исходя из цены материала, существовавшей в том месте, в котором требование потребителя должно было быть удовлетворено исполнителем в день добровольного удовлетворения такого требования или в день вынесения судебного решения, если требование потребителя добровольно удовлетворено не было.
Цена материала, передаваемого исполнителю, определяется в договоре о выполнении работы или в ином документе (квитанции, заказе) , подтверждающем его заключение.

Так что пишите претензию и предъявляйте исполнителю. Либо пусть шевелится и исправляет свои косяки, изготовив изделие из собственного материала, либо возвращает двукратную цену материала.

Статья 35. Выполнение работы из материала (с вещью) потребителя
http://ozpp.ru/laws/zpp/35.php

Компания должна переделать работу из своего материала, или возместить ущерб и материальный и душевный;))