Что делать, если у моего сына , ученика 5-го класса конфликт с одноклассником и тут вмешался папа однокл.-запугивал.

В школе есть социальный педагог, поговорите с ним. Попросите уделить пристальное внимание конфликту, вызвать этого папу и прояснить ему все последствия таких поступков. Взять расписку, что он все понял и в дальнейшем такого отношения к чужим детям не допустит, под угрозой исключения его ребенка из школы. Софии и Белке хочу сказать: одно дело, когда мальчишки между собой "самоутверждаются", тут действительно не стоит торопиться с выводами и надо сначала разобраться. Совсем другое - когда взрослый мужик на моего ребенка руку поднимает. Да я ему эту руку откушу на фиг! Заявление в школьную канцелярию что мертвому припарки, это просто отговорка.

Собраться на нейтральной территории родителям и обоим мальчикам. Обсудить ситуацию. До этого еще раз переговорите с сыном, чтоб не было неприятных сюрпризов. Возможно ситуацию удастся повернуть. В этом возрасте они не очень любят говорить правду. Могут себя обелять. У меня внук этого возраста. Не хочу никого обелять или ругать, но иногда мы и представить не можем о их отношениях друг с другом. Удачи вам.

Попросите классного руководителя на очередном родительском собрании поднять этот вопрос и при поддержке остальных родителей серьёзно поговорите с папой (или с мамой, если папа на собрания не ходит) о том, что недостойно взрослого человека пугать пятиклассника. Но это всё только в том случае, если "конфликт", о котором Вы пишете, действительно из разряда мальчишеского самоутверждения. Если же на самом деле Ваш сын повел себя агрессивно по отношению к другому мальчику - дрался, оскорблял и т. п. , то разговаривать нужно прежде всего с сыном, и защищать его ни в коем случае не нужно.

надо комиссия по делам несовершенолетних

Этим должны заниматься не вы - а классный руководитель. Взрослые вообще по моему не должны вмешиваться в детские конфликты