Всем добрый день. Возникла следующая ситуация:

Организация осуществляет свою деятельность в соответствии с ее учредительными документами, то есть с Уставом, поэтому прописывать наименование организации вы должны в соответствии с Уставом. Выписка из ЕГРЮЛ и свидетельства учредительными документами не являются.

вообще свидетельства правильно пишут- строчными и заглавными - как учредитель начудил. но, в крайнем случае, сделаете изменения в уставе - придется так и жить с крупными буквами. вы их то спросите, как сейчас в обычных документах указывать.... а чтоб не придрались - лучше спрашивать письменно, письмо зарегистрировать. хотя по идее - не должны по этому поводу придираться, кроме названия смотрят на документе инн.

В ФНС забыли выключить капслок. А если серьезно, то это две разные фирмы, судя по уставным документам и свидетельству. Не думаю, что к Вашим документам могут где-то придраться так как в свидетельстве указан Ваш ОГРН, и на задней стороне устава должен стоять штамп налоговой с ОРГН. Основывайте этим все доводы оппонентов. Тем более есть выписка из ЕГРЮЛ, где все остальные реквизиты фирмы, например такие как ОКВЭД совпадают с указанными в учредительных документах.
Но если хотите быть совсем спокойным, то можете пойти в Вашу налоговую на консультацию. Если они не помогут, то можете обращаться в суд в порядке особого производства об установлении факта имеющего юридическое значение, а именно принадлежности названия фирмы.