открываю ИП в Омске, обязательно ли наличие кассового аппарата..?

Первое: в качестве ИП Вы в любом случае будете регистрироваться в Новосибирской области, так как это делается только по месту постоянной регистрации (как неправильно говорят, прописки) .
Далее:
Выбор между ЕНВД и УСНО - целиком Ваш собственный. Трудно сказать, что лучше или хуже, от многого зависит.
Судите сами:
При розничной торговле Вы вполне можете выбрать ЕНВД. В этом случае Вам не нужен будет кассовый аппарат. Но вот бланками строгой отчетности (БСО) нужно будет запастись. Однако все не так страшно - ведь выдавать Вы их будете обязаны тому, кто запросит, а не вообще всем.
При выборе ЕНВД Вам нужно будет в течение 5 дней с момента начала деятельности встать на учет в инспекции в Омске в качестве плательщика ЕНВД.
Сдавать отчетность по ЕНВД при том нужно будет в Омске. Все остальное (сведения о среднесписочной численности, например) - в Новосибирской области. И обязательно поставьте в известность налоговую инспекцию в Новосибирске, что Вы применяете ЕНВД.
При ЕНВД не надо вести особого учета, что, конечно, не маловажно.
Однако: декларации нужно будет подавать ежеквартально и сумма налога от Вашей фактической выручки зависеть не будет - она в определенном смысле фиксированная.
Если Вы выберете УСНО, то отчитываться всегда нужно будет в Новосибирской области, независимо от того, где ведется деятельность.
Декларации при этом сдаются раз в год. Сумма налога зависит от фактической выручки и (при выборе расчета с доходов за минусом расходов) от расходов.
Однако: кассовый аппарат при этом обязателен. И будет необходимо вести специальный налоговый учет доходов и расходов.

кассовый аппарат не обязателен

Плательщики ЕНВД не обязаны использовать кассовые аппараты при принятии наличных средств. Но есть некоторые нюансы и исключения:
При оказании услуг ( автосервис, салон красоты, турфирма и так далее) , если не применяется кассовый аппарат, плательщик ЕНВД обязан выдавать клиентам БСО ( бланки строгой отчетности) . Если через предприятие проходит большей поток клиентов становиться нерентабельно каждый раз заполнять такие бланки и вести их учет.
Интересный момент в этом вопросе это штраф за отсутствие кассового аппарата. С учетом того, что работа без кассового аппарата наказывается суммой, в несколько раз меньшей, чем цена кассы можно пойти на риск, откладывая покупку ККМ на "лучшие времена", когда бизнес встанет на ноги.