Правда ли, что проверять предпринимателя, можно через 3 года после регистрации?

Да, но не во всех случаях.
В соответствии с п. 4 ст. 7 Федерального закона от 8 августа 2001 г. N 134-ФЗ "О защите прав юридических лиц и индивидуальных предпринимателей при проведении государственного контроля (надзора) " (далее - Закон) в отношении субъекта малого предпринимательства плановое мероприятие по контролю может быть проведено не ранее чем через три года с момента его государственной регистрации (исключение касается только плановых проверок при проведении контроля за оборотом оружия) .
Таким образом, данное правило не применяется, если:
1) ИП не подпадает в соответствии с законом под категорию субъектов малого предпринимательства.
Согласно ст. 4 Федерального закона от 24 июля 2007 г. N 209-ФЗ "О развитии малого и среднего предпринимательства в Российской Федерации" ИП будет относиться к малым предприятиям в том случае, если средняя численность его работников за предшествующий календарный год не превышает 100 человек, а выручка от реализации товаров (работ, услуг) без учета налога на добавленную стоимость за предшествующий календарный год не превышает предельные значения, установленные Правительством Российской Федерации (в настоящее время это 400 млн. руб.) .
2) В отношении ИП проведится внеплановое мероприятие по контролю.
Внеплановая проверка может быть проведена в любое время в случае поступления в контролирующие органы информации о совершенных ИП правонарушениях (п. 5 ст. 7 Закона) .
Следует также учитывать, что в силу п. 3 ст. 1 Закона его положения не применяются ко многим видам государственного контроля (надзора) (налоговый, валютный контроль, государственный строительный надзор и др.) . Соответственно ИП может быть подвергнут этим видам контроля (надзора) и до истечения 3-го срока с момента его государственной регистрации (если иное не предусмотрено специальными законами о данных видах контроля (надзора)) .

Обращаю Ваше вниманию на то, что с 1 июля 2009 г. Закон утрачивает силу и вступает в действие Федеральный закон Российской Федерации от 26 декабря 2008 г. N 294-ФЗ "О защите прав юридических лиц и индивидуальных предпринимателей при осуществлении государственного контроля (надзора) и муниципального контроля". Он устанавливает несколько иные правила. По смыслу ч. 8 ст. 9 нового закона плановые проверки в отношении ИП проводятся не ранее трех лет с момента его государственной регистрации даже в том случае, если он не относится к числу субъектов малого предпримательства.

Ссылки на нормативные акты:
http://base.garant.ru/12123880.htm
http://www.rg.ru/2008/12/30/prava-kontrol-dok.html