Организация заключила с сотрудником договор аренды его авто. какие налоги мы должны удержать с сотрудника с его дохода?

зависит от того-договор ли аренды, с экипажем или без, или использование в служебных нуждах.
Доходы физических лиц, полученные от сдачи в аренду или иного использования имущества, признаются объектом налогообложения и подлежат обложению налогом на доходы физических лиц по налоговой ставке 13 процентов, установленной п. 1 ст. 224 Кодекса, вне зависимости от вида договора аренды.

В соответствии с п. 3 ст. 217 и пп. 2 п. 1 ст. 238 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) не подлежат налогообложению налогом на доходы физических лиц и единым социальным налогом все виды установленных действующим законодательством Российской Федерации, законодательными актами субъектов Российской Федерации, решениями представительных органов местного самоуправления компенсационных выплат (в пределах норм, установленных в соответствии с законодательством Российской Федерации) , связанных, в частности, с исполнением физическим лицом трудовых обязанностей.
Обязанность работодателя по выплате компенсации при использовании работником личного имущества, в том числе личного транспорта, а также по возмещению расходов, связанных с его использованием, установлена ст. 188 Трудового кодекса Российской Федерации.
Выплата указанной компенсации производится в тех случаях, когда работа сотрудников по роду производственной (служебной) деятельности связана с постоянными служебными разъездами в соответствии с их должностными обязанностями.
Для получения компенсации работники представляют в бухгалтерию организации копию технического паспорта личного автомобиля, заверенную в установленном порядке, и ведут учет служебных поездок в путевых листах.
Так как установления специальных норм компенсации работникам за использование личного транспорта для целей обложения налогом на доходы физических лиц и единым социальным налогом Кодексом не предусмотрено, полагаем, что использование в этих целях норм расходов организации на выплату компенсации за использование для служебных поездок личных легковых автомобилей и мотоциклов, утвержденных Постановлением Правительства Российской Федерации от 08.02.2002 N 92 "Об установлении норм расходов организации на выплату компенсации за использование для служебных поездок личных легковых автомобилей и мотоциклов, в пределах которых при определении налоговой базы по налогу на прибыль организаций такие расходы относятся к прочим расходам, связанным с производством и реализацией", не будет противоречить положениям п. 3 ст. 217 и пп. 2 п. 1 ст. 238 Кодекса.
При этом сами такие выплаты могут производиться в размерах, установленных локальным нормативным актом организации.