Вопрос по созданию сайта.

1) - Они не будут признаны скрытыми. (Роботы умнеют и давно уже умеют различать навигацию и ссылочный спам - тем более, что это внутренние ссылки) Но можно написать скрипт на всякий случай - скрипт будет скрывать ссылки (т. е. присваивать им те атрибуты, которые прописаны сейчас в CSS для скрытия) .
2) - Карта сайта полезная вещь в любом случае. (можно и сделать отдельную карту в формате xml для поисковых роботов)
3) - Нет криминала в дублировании ссылок. По-крайней мере, ни разу не слышал о какой-либо пессимизации в случае многократного использования одинаковых ссылок на одной странице.
4) - В некоторых случаях боты могут посчитать ссылки в подвале менее значимыми (в последнее время подвалы активно используются для размещения большого количества платных, или обменных ссылок) .
Боты почти всех поисковиков туда доберутся.
5) - На последний вопрос - нет. Поисковики не учитывают скрипты в любом случае. Но для сокращения общего веса страницы лучше скрипты писать в отдельные файлы. Тем более, если скрипт используется на нескольких страницах - его не нужно будет грузить несколько раз. Опять же, для сокращения веса, лучше не использовать табличную верстку. - Меньше тегов - больше контента.

Я бы посоветовал не загружать страницу лишними ссылками. Даже если поисковые роботы не учтут ваше меню, это не катастрофа. Гораздо лучше если вы эти названия пунктов меню поместите в TITLE и метатеги description и keywords...

100 раз, только страница отвиснет на километр вниз и будет висеть как майл ру.