Я не могу понять как делали первые программы и операционные системы

В первые ЭВМ программы и данные вводили переключением выключателей. Затем появились устройства считывания с перфокарт.
Программирование ENIAC:

Сначала сделали загрузчики: простая программка, должна прочесть с перфокарт, записать в память, и запустить. Загрузчики ИМХО набирали на переключателях, в 2-чном коде. А программы писали на ассемблере, переводили в коды, в ручную, и писали на перфокарты, дырочками.
Но это было в 1950-е годы, а в 1960-е, уже были языки: Fortran и Algol.

А как ты научился читать? Сначала буквы, потом слова, потом предложения, так?
От простого к сложному.
От абака до компьютера.
Когда-то калькуляторы были механическими: счёты, арифмометр, ..
Когда-то и программы тоже были механическими, задавались установкой перемычек в специальные пазы на управляющей шине. Бухгалтерские машины могли по этим программам выполнять очень широкий круг задач.
Так что надо было рождаться пораньше лет на 30, чтобы увидеть всю эту прелесть.

Биос же есть, а это уже простая операционная система (только API в виде функций нет).
Значит, можно сделать программу, и прочие файлы, которые нужны для ее загрузки биосом с диска.
Вопрос только в том, что должно быть в этих файлах, чем компилировать программу и какой код писать. Вот эту информацию сейчас найти очень сложно, если не подсматривать исходники уже имеющихся ОС.
Исходников загрузчика винды, возможно, вообще нет в открытом доступе: разработчики первых компьютеров продали эту информацию майкрософтовцам, и ни те, ни другие ее, разумеется, не выложили.

Могу ошибаться, но по-моему такую программу можно сделать в формате *.com, и биос ее выполнит при наличии необходимых "прочих файлов".Читал об этом в какой-то статье.

до перфокарт, ферритовые сердечники, проволока проходит 1, нет 0.

Есть программаторы... Раньше программы загружали перфокартами...

1 или 0 вот и все, остальное сделает проц