от чего зависит время выплаты имущественного налогового вычета на покупку квартиры?

Г-н ТНК по сути прав. Из вашего вопроса не понятна ситуация, потому что вы путаетесь в понятиях. Есть стандартные налоговые вычеты, есть вычеты из налогооблагаемой базы, есть возврат налога, но нет "перечисления суммы вычетов по стравке 2-НДФЛ".
Скажите, вы заполняли заяву на возврат налога и сдавали декларацию 3-НДФЛ? Если да, то сумма возврата налога за год там есть. Сумму эту могут либо перечислить на ваш лицевой счет, либо предоставить вычеты из налогообрагаемой базы на основании уведомления, выданного налоговым органом.
В любом случае вам вернут не стоимость квартиры, а сумму уплаченного вами налога. Т. е. (правильно сказано) если з/п 10 т. р. , то вернут 13% за год - 1300 х 12 = 15600. И так в течение трех лет.

Да, Вы что-то путаете. Перечислить Вам на банковский счет могут не по справке 2-ндфл, а на основании декларации 3-ндфл. А перечислить могут сумму не больше, чем удержанный с Вас за год налог. Вы, может быть, думаете, что если налоговый вычет 2 млн, то Вам их и вернут? Ну уж нет. Т. е. теоретически могут, если у Вас такой огромный заработок, что Вы заплатили НДФЛ более 2 млн. Однако я не думаю, что это Ваш случай. Если, к примеру, с Вас удержали 25000, то именно эту сумму Вы и получите обратно. Так можно возвращать в течение 3 лет

Добавлю: Вам могут возвратить ТОЛЬКО уплаченный Вами нало за 3 года и не больше! Даже если Вы потратили на квартиру 10 млн, а налог был удержан, к примеру, 100000, то эти 100 тыс Вы и получите.

Еще один нюанс: за этим вычетом можно обратиться к работодателю (сначала сходив в УФНС и получив там уведомление) . В этом случае Вам перчислять ничего не будут. Просто работодатель не будет удерживать с Вас подоходный налог (т. е. НДФЛ)

Вычет из налогооблагаемой базы! А возвращают НАЛОГ 13% как бы от этого вычета.

Вот если у Вас налог уплачен был, допустим 1500 руб. , а по итогам года равен 0 (при применении налогового вычета из налогооблагаемой базы) - то Вам вернут 1500 руб.

Т. е. налогооблагаемая база *13%!! и вернут только то, что было уплачено.

А вычетать Вы можете 3 года, т. е. Вы не можете использовать, к примеру, всю сумму, а уменьшить только то, что заработали за год

А СТОИМОСТЬ КВАРТИРЫ ЧЕРЕЗ НДФЛ ВАМ НИКТО ВОЗВРАЩАТЬ НЕ БУДЕТ. По сути - стоимость квартиры*13% в течении 3-х лет могут вернуть только эту сумму, если она до этого была уплачена в бюджет! Возврат это то, что ранее уплачено Вами...