В марте 1953 года умер И. В. Сталин, это событие стало началом конца и для Василия.
Несмотря на сложные отношения с отцом, он искренне переживал уход Сталина. Василий не смог себя сдержать и на похоронах обвинял окружение вождя в убийстве. С сыном умершего вождя надо было что-то делать, поэтому решили отправить его подальше — командовать авиацией одного из отдалённых округов. Однако Василий и не думал никуда уезжать, решив обратиться в посольство Китая и предоставить им информацию об убийстве отца.
Естественно, это выходку ему простить не смогли. В качестве ответной меры, Василия Сталина лишают всех званий, снимают с постов и заключают под стражу.
Следствие длилось 2,5 года, а инкриминировали Сталину, по иронии судьбы, антисоветскую пропаганду, осудив по статье 58-10 («враг народа»). В обвинении смешали всё: хищение денег на строительстве спорткомплекса, алкоголизм и рукоприкладство, преступную халатность, из-за которой погибали люди, кумовство. Конечно, некоторые из обвинений были правдивы, другие же — абсолютная ложь.
Василия Сталина осудили на 8 лет и поместили во Владимирский централ под чужим именем. В тюрьме сын бывшего вождя старался не отчаиваться и даже увлёкся токарным делом, однако там же он стал инвалидом, неизлечимо заболев.
Из тюрьмы Василий постоянно писал письма новому генсеку СССР — Хрущеву, призывая его пересмотреть дело. Однако к тому моменту началось разоблачение культа личности Сталина, поэтому на письма не реагировали.
Впрочем, спустя несколько лет, в 1960, Василия Сталина наконец-то досрочно освободили. Его вызвали на приём к Хрущеву, пообещали выделить квартиру, назначить пенсию и вернуть имущество, однако ничем из этого Василий воспользоваться не успел — он вновь запил.
Вскоре последовал второй арест «за антисоветскую деятельность» — Сталин опять попытался попасть в посольство КНР с разоблачительными материалами — его на год вернули в тюрьму.
После повторного освобождения, у Сталина отняли почти всё — фамилию (теперь по документам он был Джугашвили), имущество, квартиру в Москве. Новым домом Василия стала Казань, которая была закрыта для иностранцев.
В Казани Василий Сталин прожил всего три месяца, скончавшись в марте 1962 года. По официальной версии причиной смерти стало алкогольное отравление.
Спустя почти сорок лет, в 1999 году, Главная военная прокуратура сняла с Василия Сталина все обвинения.
