Есть ли фирмы занимающиеся бронированием только отеля

1. Не все, но многие туроператоры готовы продавать не заранее сформированный пакетный тур, а какие-то его компоненты. В частности пару лет назад мне удалось договориться о чем-то подобным с Южным Крестом (http://www.ukrest.ru/ru/?m=1420). Я тогда ехал в Грецию, но и по Мальдивам они тоже работают.

2. Если договоренности с туроператором достичь не удалось, то отель можно забронировать, например, на booking.com, а потом связаться с администрацией отеля (электронная почта, факс) и попросить их организовать Вам трансфер из аэропорта. Многие отели в той или иной форме предоставляют эту услугу и чем выше звездность отеля, тем выше вероятность, что она есть. Но это будет не групповой трансфер, а индивидуальный, соответственно, дороже. Или вообще такси.

Любая турфирма или даже многие туроператоры без проблем сделают это.

любая тур фирма может вам организовать и трансфер и проживание, без перелета
По опыту путешествий на Мальдивы, могу дать совет. Выбирайте отель и бронируйте себе номер у них на сайте напрямую, без посредников. Там же укажите что хотите заказать трансфер. Оплатить все можно картой или оставить депозит, а оплатить все на месте.
Отель можно так же забронировать на сайте booking.com
так же напоминаю вам, что стоимость везде будет указана без учета налога. Питание лучше сразу бронируйте FB, выгоднее получится

если вы из москвы могу посаветовать турагентство