Согласно рейтингу немецкой организации JACDEC (Jet Airliner Crash Data Evaluation Center), занимающейся исследованиями в области безопасности полетов за 2012 год авиакомпания Трансаэро на 15-м месте (ни одного серьезного происшествия за 20 лет существования компании) , Аэрофлот на 35-м (с момента выделения авиакомпании из общего "советского Аэрофлота" в 1992 г. произошла одна авиакатастрофа в 1994 г.) .
По другим факторам не знаю, мне Аэрофлот удобнее, т. к. он летает из Шереметьева, но к сожалению далеко не во все города.
http://www.airlines-inform.ru/rankings/Rejting_aviakompanij_po_bezopasnosti_za_vse_vremena.html
Ещё один субъективный рейтинг, составленный посетителями одного авиасайта, гд тоже Трансаэро на перво месте, а Аэрофлот на третьем, хотя неизвестно насколько этим рейтингам можно доверять.
http://aviakompaniya.info/rejting-aviakompanij-rossii