Нужно ли проходить паспортный контроль?

В Бишкеке Вы в любом случае будете проходить паспортный контроль перед вылетом. Дальше всё зависит от того, совпадает ли аэропорт, в который Вы прилетаете в Стамбул с аэропортом, из которого Вы вылетаете в Германию. Если это один и тот же аэропорт, то никакого паспортного контроля не будет, Вы просто пройдёте в транзитную зону, где и будете ждать своего рейса в Германию. Если же это разные аэропорты, то пройдете паспортный контроль дважды: сначала на выходе из аэропорта прибытия, а потом в аэропорту вылета.

Ну и, разумеется, ещё один паспортный контроль Вам предстоит пройти уже в Германии.

Ничего проходить не надо, если вы не собираетесь покидать транзитную зону...

если летите одной авиакомпанией, то сразу идете при пересадке в зону транзита: там через рамку вас и через рентген ручную кладь, и к выходу на новую посадку. Причем при регистрации на первый рейс вы сразу регистрируетесь и на второй, даж посадочный талон выдают

Если не выходите из транзитной зоны, то ничего проходить не потребуется

В Стамбуле в аэропорту Ататюрка точно есть транзитная зона - поэтому никакого контроля проходить не нужно...

Если вы летите в страну ЕС и страна-транзит тоже входит в ЕС, тогда паспортный контроль проходят 1 раз (Я летела в Италию через Германию так). Турция не является членом ЕС, поэтому паспортный контроль проходить надо.