Безумный вопрос, но могут ли страны ЕС запретить пролет над их странами до Калининграда?

Не могут, только взаимно. Они на это не пойдут, больше потеряют.

Кроме конвенций об использовании воздушного пространства, у нас же еще - Северный морской путь, с нашими же ледоколами для сопровождения
Давайте и мы что-нибудь перекроем...
Ограничение полетов вводится, как правило, в военное время

могут, но им могут кислород перекрыть

до тех пор, пока РФ кроме озабоченности на недружественные шаги ничего не выражает, могут все, даже себе во вред.

Технически могут, но естественно не решатся, потому что им тоже это могут запретить.

теоретически могут
но имеют шанс получить в ответку запрет на полеты над территорией России
а до Калининграда можно и над морем долететь

В мирное время -- нет. Есть международные конвенции о воздушном движении, которые такие номера гневно осуждают.

И задом наперед -- все наоборот: есть куча рейсов между третьими странами, которые летают над российской территорией. Из Хельсинки, например, есть (или по крайней мере были до COVID) рейсы на Токио, Осаку, Сеул, Пекин, Шанхай, Сиань, Гонконг, Бангкок, Сингапур и Дели... Причем российские власти получают некоторую денежку за то, что российские диспетчеры ведут эти рейсы через российскую территорию (это опять-таки установлено конвенциями: авиакомпании платят диспетчерским службам стран, над которыми они летают, вознаграждение)...

Могут. Собственно, военные самолёте через них и не летают, летают в обход через Балтику.

Нет. Отрицательный опыт есть. Пытались когда то... Но ответку получили и вовремя опомнились.

Могут, но мы пальчиком погрозим.