Может ли отец (директор одной фирмы) заключать договор с сыном (директором другой фирмы)?

Да, может. Законодательного запрета на заключение сделок между организациями, руководители которых состоят в родстве, нет.

Но следует учесть, что такая сделка может требовать особого порядка ее одобрения как сделка с заинтересованностью (см. например, ст. 45 Федерального закона "Об обществах с ограниченной ответвенностью" или ст. 81 Федерального закона "Об акционерных обществах").
Кроме этого, по такой сделке налоговые органы на основании ст. ст. 20 и 40 Налогового кодекса вправе проверить правильность применения цен.

Конечно можно! Мало-ли однофамильцев. А экспертизу ДНК точно делать не будут...

почему нет, организации разные

Теоретически может но на практике-???

Нууу.. .
Если родная супруга мэра Лужкова постоянно "выигрывает" все тендеры по строительству у собственного мужа и каким то образом это документально узаконивается - что уж простым смертным переживать.
Можно, конечно!

Можно....

Можно. Сейчас все можно. Раньше нельзя было чтоб в одной фирме муж-жена были директор-глав. бух. А теперь можно. Так что заключайте, ничего страшного. Если Вас смущает фамилии одинаковые, то пусть вместо папы или сына заместитель договор подпишет.

Можете. Но вообще Лицо Аффилированное - управляющий, учредители, а также акционеры, имеющие возможность оказывать непосредственное влияние на деятельность компании. Л. а. обычно владеет не менее чем 10% капитала компании. Физическое лицо, обычно инвестор, имеющий возможность оказывать влияние на деятельность компании, фирмы.
Поэтому все будет зависить от налоговой насколько сильно она к вам хочет прикопаться.

Конечно может

Да так как вы являетесь отдельными юр. лицами

А вы семейного юриста пригласите и вечерком на собрании (домашнем) примете решение....

конечно может. Это овершенно правомерно. Родственные связи не имеют никакого значения.