Реально ли сделать прозрачную гиф-анимацию? То есть по типу как на ТВ каналах подвижный логотип, но с прозрачным фоном.

Реально было, например, уже с начала 2000-х годов текущего XXI века. )

Делалось в узкоспециализированных программах (например, в GIF Animator и др.) и в более универсальных программах работы с пиксельными изображниями, ориентированных, в основном, на создание графики для Веб. Например, в Adobe Photoshop версии этак с 7.0 (2002 года), CS, CS2, Adobe ImageReady (было и отдельным приложением и приложением в пакете с Photoshop), Macromedia и Adobe Fireworks.

Существовали и существуют и более продвинутые (в сфере создания именно сложной кинематической анимации), но менее универсальные редакторы GIF-графики. Назвал только те, которыми пользовался и пользуюсь (теперь уже - иногда).

Сейчас анимированный GIF-логотип на веб-странице уже, как правило, архаичный и не самый модный элемент, нечто из дизайна 90-х (за редким талантливыми исключениями). ) Можно сказать - вычурный дерибас (опять же - за редким исключением).

Недостатками любого, анимированного или не анимированного, GIF-изображения с прозрачным или непрозрачным фоном является ограниченное кол-во цветов изображения (только, максимум, 256), эффект несглаженности, неровности и не совсем плавного перехода изображения к прозрачности по краям, невозможность масштабирования и ограниченность разрешения (только экранное, 72 ppi). Из-за этого GIF-изображение, созданное для экрана с одним разрешением (например, для десктопного монитора) может плохо выглядеть на экране с другим разрешением (например, на настенном экране, на экране смартфона).

Более модными (но ограниченно, там, где они хороши) являются не пиксельные, а анимированные векторные изображения ( в том числе - логотипы). До похорон технологии "флеш" (flash, SWF), состоявшейся года два назад, такие делались, например, с помощью Macromedia и Adobe Flash.

Векторные изображения лишены всех основных недостактов пиксельных GIF-изображений.

Сейчас (по состоянию на 04.10.2022) анимированные векторные изображения создаются в открытом (а не закрытом, как "флеш", *.swf) формате SVG (Scalable Vector Graphics). В виде файлов *.svg. Файлы этого формата представляют, по сути, интерпретируемый текстовый программный код.
Конкретные названия текущих продвинутых приложений для создания именно анимированных векторных SVG-изображений назвать не могу - не пользуюсь. )

Программ много, начиная с мощного Adobe Photoshop и опускаясь до специализированных. Например, Aseprite - для пиксельной анимации, Ahpalina - для векторной анимации... У них есть экспорт в анимированный GIF.