Моя подруга сдаёт в наём кв-ру, находящуюся в жил.кооперативе. Имеет ли право комендант этого жил. кооператива

Вы в каком году живете? Судя по информации "более 40 процентов квартир сдается"-после 1993 года. Судя по коменданту с его "органами" и уставу, не соответствующему Конституции ФУ, у Вас на дворе год этак 1980. Если квартира в собственности, то кооператив имеет прав не более чем управляющая компания (наверное кооператив и является такой альтернативой) . Надо изменить устав кооператива в соответствии с действующим законодательством и уволить такого коменданта. Можно также не обращать внимание на его бред, но иметь в виду, что "органы" (ФМС) вполне могут привлечь к административной ответственности и жильца, и Вас, и коменданта, если он является лицом, ответственным за регистрациию, при наступлении соответствующих обстоятельств-проживании без регистрации более 90 суток. При наличии полномочий по регистрации граждан, Ваш комендант волне реально боится привечемия его к ответственности по ст. 19.15 ч. 2. Вот он и чудит.

Проверять документы не в юрисдикции коменданта, тем более требовать копию паспорта.
Пускай жильцы заключат договор найма жилого помещения и оформят регистрацию по месту пребывания в ФМС.

извините, но пошлите этого коменданта на.. . он никакого права на данные паспорта жильца не имеет, а органы. которые якобы приходят к коменданту, пусть приходят к вашему жильцу, если таковые органы имеются, надеюсь договор аренды у вас оформлен по закону