Законен ли отказ отделения УФМС в регистрации по новому месту жительства (в пределах одного города)

жалобу в прокуратуру (заказное письмо) : отказываются регистрировать...

нет. такое решение полностью и абсолютно незаконно.

отделение УФМС и воинский учет, т. е. военкомат - это совершенно две разные организации, взаимодействие которых осуществляется на основании приказа Министра обороны РФ N 366, МВД РФ N 789, ФМС РФ N 197 от 10.09.2007 "ОБ УТВЕРЖДЕНИИ ИНСТРУКЦИИ ОБ ОРГАНИЗАЦИИ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ ВОЕННЫХ КОМИССАРИАТОВ, ОРГАНОВ ВНУТРЕННИХ ДЕЛ И ТЕРРИТОРИАЛЬНЫХ ОРГАНОВ ФЕДЕРАЛЬНОЙ МИГРАЦИОННОЙ СЛУЖБЫ В РАБОТЕ ПО ОБЕСПЕЧЕНИЮ ИСПОЛНЕНИЯ ГРАЖДАНАМИ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ ВОИНСКОЙ ОБЯЗАННОСТИ"
В этой инструкции четко прописаны действия органов ФМС:
5. Территориальные органы ФМС России:
а) при выдаче и замене паспортов производят в них отметку об отношении к воинской обязанности граждан при предоставлении ими документов воинского учета (удостоверения гражданина, подлежащего призыву на военную службу; военного билета солдата (матроса) , сержанта (старшины) , прапорщика (мичмана) ; военного билета офицера запаса; временного удостоверения, выданного взамен военного билета) ;
б) при обращении граждан в территориальные органы ФМС России для регистрации по месту жительства (учета по месту пребывания на срок более трех месяцев) , снятия с регистрационного учета по месту жительства (снятия с учета по месту пребывания) проверяют наличие в паспортах отметок об отношении их к воинской обязанности, информируют граждан, не состоящих, но обязанных состоять на воинском учете, об их обязанности состоять на воинском учете по месту жительства (месту пребывания на срок более трех месяцев) ;
в) при отсутствии в паспорте гражданина, не состоящего, но обязанного состоять на воинском учете, отметки об отношении к воинской обязанности и отсутствии в документах воинского учета (отсутствии возможности (или отказе) представить документы воинского учета) отметок соответствующих военных комиссариатов о приеме на воинский учет, вручают гражданину направление для постановки на воинский учет в военный комиссариат по месту его жительства (по месту пребывания на срок более трех месяцев) согласно приложению N 3 к настоящей Инструкции;
г) направляют в двухнедельный срок в военные комиссариаты сведения о случаях выявления граждан, не состоящих, но обязанных состоять на воинском учете, а также сведения о лицах, приобретших гражданство Российской Федерации и подлежащих постановке на воинский учет, согласно приложению N 4 к настоящей Инструкции.
А вот пойдете вы это выполнять или нет - ваша уже административная ответственность.
Поэтому требуйте в письменном виде отказ в отделении УФМС о регистрации вас по месту жительства.
И, кстати, в домовые книги штампы о постановке и снятии с воинского учета не ставятся.