имеет ли право собственник квартиры выписать родственника длительное время не проживающего там

Через суд, конечно имеете право. При условии, что родственник не ваш ребенок. И не какого согласия его не надо.
исковое "о признании утратившим право пользовании жилого помещения и снятия с регистрационного учета"

выписать не сможет, а снять с регистрационного учета - вполне.
Собственник имеет право распоряжаться свой собственностью без всякого разрешения зарегистрированных и прочих лиц.

Просто иск о признании утратившим право пользования жилым помещением, а такое решение буд являться для регистрирующего органа основанием для снятия с учета ---
ст 7 Закона РФ от 25 июня 1993 г. О праве граждан Российской Федерации на свободу передвижения, выбор места пребывания и жительства в пределах Российской Федерации - Снятие гражданина Российской Федерации с регистрационного учета по месту жительства производится органом регистрационного учета в следующих случаях:
выселение из занимаемого жилого помещения или признание утратившим право пользования жилым помещением - на основании вступившего в законную силу решения суда;

Пункт 13 Постановления Пленума Верховного Суда РФ от 2 июля 2009 г. О некоторых вопросах, возникших в судебной практике при применении Жилищного кодекса Российской Федерации:
По общему правилу, в соответствии с частью 4 статьи 31 ЖК РФ в случае прекращения семейных отношений с собственником жилого помещения право пользования данным жилым помещением за бывшим членом семьи собственника этого жилого помещения не сохраняется, если иное не установлено соглашением собственника с бывшим членом его семьи. Это означает, что бывшие члены семьи собственника утрачивают право пользования жилым помещением и должны освободить его (часть 1 статьи 35 ЖК РФ) . В противном случае собственник жилого помещения вправе требовать их выселения в судебном порядке без предоставления другого жилого помещения.
По смыслу частей 1 и 4 статьи 31 ЖК РФ, к бывшим членам семьи собственника жилого помещения относятся лица, с которыми у собственника прекращены семейные отношения. Под прекращением семейных отношений между супругами следует понимать расторжение брака в органах записи актов гражданского состояния, в суде, признание брака недействительным. Отказ от ведения общего хозяйства иных лиц с собственником жилого помещения, отсутствие у них с собственником общего бюджета, общих предметов быта, неоказание взаимной поддержки друг другу и т. п. , а также выезд в другое место жительства могут свидетельствовать о прекращении семейных отношений с собственником жилого помещения, но должны оцениваться в совокупности с другими доказательствами, представленными сторонами.
Вопрос о признании лица бывшим членом семьи собственника жилого помещения при возникновении спора решается судом с учетом конкретных обстоятельств каждого дела.
При этом, учитывая положения части 1 статьи 31 ЖК РФ, следует иметь в виду, что поскольку ведение общего хозяйства между собственником жилого помещения и лицом, вселенным им в данное жилое помещение, не является обязательным условием признания его членом семьи собственника жилого помещения, то и отсутствие ведения общего хозяйства собственником жилого помещения с указанным лицом либо прекращение ими ведения общего хозяйства (например, по взаимному согласию) само по себе не может свидетельствовать о прекращении семейных отношений с собственником жилого помещения. Данное обстоятельство должно оцениваться в совокупности с другими доказательствами, представленными сторонами по делу (статья 67 ГПК РФ) .
Судам также необходимо иметь в виду, что в соответствии с пунктом 4 статьи 71 СК РФ ребенок, в отношении которого родители (один из них) лишены родительских прав, сохраняет право пользования жилым помещением.