Будет ли считаться просроченной регистрация, если мы с мужем жили в новостройке.

Нет. Право на регистрацию в собственной квартире у вас возникает с даты получения свидетельства о праве собственности на нее. Штрафа за проживание без регистрации в ней до того... быть не может потому. как и права на регистрацию не было. А до этого вы "бомжевали", и где, и как никто не докажет.

Немного непонятная ситуация …
Квартиру Вы купили в "новостройке", т. е. у Застройщика по Договору участия в долевом строительстве? И Ваш МКД в эксплуатацию был уже введен? А квартиру Застройщик передал по 2-х стороннему Акту?
Тогда (хотя гос. регистрация Вашего права собственности еще и не произведена) Вы полноправный ВЛАДЕЛЕЦ этой квартиры, правомерно в ней проживающий и законопослушно исполняющий свою ОБЯЗАННОСТЬ по внесению платы за жил. помещение и коммунальные услуги – согласно п. п. 6 п. 2 ст. 153 ЖК РФ:
А в это случае Вы были обязаны подать документы на регистрацию по месту ЖИТЕЛЬСТВА в пределах РФ не позднее 7-ми дней со дня вселения – ст. 6 Закона РФ от 25.06.1993 N 5242-1 "О праве граждан РФ на свободу передвижения, выбор места пребывания и ЖИТЕЛЬСТВА в пределах РФ" и п. 16 "Правил регистрации и снятия граждан РФ с рег. учета … по месту ЖИТЕЛЬСТВА… ", утв. Постановлением Правительства РФ от 17.07.1995 N 713.(ред. от 15.08.2014).
Т. е. У Вас БЫЛО (Zheke горячий прЮветик! ) - и ПРАВО на регистрацию, и что хуже, ОБЯЗАННОСТЬ регистрироваться. . .
Так что наложение на Вас штрафа, увы, но НЕ исключено:
ИЛИ по п. 1 ст. 19.15.1. КоАП РФ за "Проживание гражданина РФ по месту пребывания или по месту ЖИТЕЛЬСТВА в жилом помещении БЕЗ РЕГИСТРАЦИИ …свыше установленных ЗАКОНОМ сроков";
ИЛИ по п. 1 ст. 19.15.2. КоАП РФ за "Нарушение ПРАВИЛ регистрации гражданина РФ по месту пребывания или по месту ЖИТЕЛЬСТВА в жилом помещении… ".

Нет такого понятия "просроченная регистрация".
Штраф будет за проживание без регистрации.