почему боится кот?

Предположу, что это именно из-за слишком спокойной жизни в замкнутом пространстве и недостатка впечатлений - нервная система не получает нормальной стимуляции извне и, чтобы не деградировать, дает мощные ответы на незначительные сигналы.
Слишком заумно? Попробую пояснить. Кошки в природе - животные энергичные. Чтобы выжить, они должны постоянно выслеживать и ловить добычу (в одной мышке 10-15 граммов мяса - посчитайте, сколько их надо в день!) . Надо остерегаться крупных хищников, прогонять со своей территории других котов и вести бои за обладание кошкой. Нервная и мускульная система в большом напряжении - и при каждой возможности переходит в состояние покоя и расслабления. Наш кот, вернувшись после охоты или драки со двора, спит очень сладко, а если начать его тормошить - только мурлычет, не открывая глаз.
А у городских кошек недостаток физических нагрузок и эмоциональных впечатлений порой вызывает невроз. Одни становятся чрезмерно пугливыми, другие чрезмерно агрессивными, третьи рвут обои или уничтожают хозяйские цветы.
Есть такой сериал "Адская кошка" - очень советую посмотреть. Ведущий доступно и наглядно объясняет и показывает, как создать для кошки нормальные условия жизни даже в городской квартире.
Для "хорошей жизни" кошки надо, чтобы у нее была ДОСТАТОЧНАЯ физическая активность. А это значит, что игра - к примеру, простейшая погоня за бумажкой на веревочке - должна продолжаться ДО УСТАЛОСТИ. То есть пока кошка не упадет на бок.
Для ощущения безопасности кошке необходимо иметь надежное укрытие, в идеале - под потолком. На шкафу, например. И никто не должен мешать ее уединению, когда она туда удаляется.
В общем, если вы не просто пожаловаться хотите, а намерены исправить ситуацию - приложите некоторые усилия.

При желании коты приручаются. Зачем будить кота? Надо руку подносить так, чтобы кот ее видел. Дать понюхать ее, почесать щечку, потом уже гладить, а не хватать его сразу в руки. Он может научиться доверять определенным людям. Незнакомых все равно будет опасаться. Резких звуков почти все животные бояться.

Видать у него тонкая душевная организация, а проще говоря, псих.

Моему уже 3 и до сих пор всего боится. Я спрашивала у ветеринаров, но ничего страшного они в поведении котика не нашли, сказали что кошки очень чувствительны, а мой очень- очень чувствительный. Но я думаю, что это у него от мамки. Он у нас уличный, с 2-х месяцев у нас живет, кто знает, как у мамки беременность прошла, и его раннее детство?

Кто знает какую жизнь он живет из девяти, и что в прошлых пережил. Капайте валерьянки.

может его напугали еще при кошке.

У меня 2 кота таких было. Один 15 лет прожил в вечном страхе. Сейчас молодой около 3-х лет, тоже всего боится, хотя как и у вас повода нет. Такой характер.