как нематериальная душа управляет физическим телом ?

Между душой и физическим телом есть еще ментальное тело, состоящее из ума, разума и ложного эго. Тонкое тело ( ментальное ) дано для реализации тонких вкусов и путешествий в материальных мирах. Физическое, грубое тело это проэкция тонкого и дано для проживания жизни в конкретной точке материального мира и удовлетворения грубых вкусов. Сознание это прямая энергия души. Вкусы определяют чистоту сознания. Чистота сознания определяет точку вселенной и условия существования. Через этот механизм душа реализовывает свои желания.

Молекулы проходя через стенку кишечника становятся живыми и начинают подчиняться Душе.

Идея управления затуманивает ум .
Кто управляет когда плывёт корабль? Капитан? А как же корабль.... ведь без него капитан - не капитан, а простой человек . Разве капитан сможет управлять кораблём без наличия самого корабля? Они оба - составляют ОДНО единое целое, и по отдельности являются пустышками .
Точно так же и с телом-душой . Никто никем не управляет, душа наполняет тело, а тело служит "домом" и орудием действия для души . Зачем нужен дом, если о нём никто не знает, и в нём никто не живёт ?
Было бы НЕВЕРНО утверждать что душа управляет телом.. . Как в теле человека мысли влияют на его поступки-действия, так же и внешние воздействия (например укол иголкой) влияют на ход мыслей . То есть как душа управляет телом, так же и тело, в свою очередь, управляет душой .

Не у всех. Полно тех, у кого тело давно подавило и уничтожило душу. Если взять вышеприведённую метофору Апулея, то всадник тащит лошадь.

Чтоб душа управляла телом, этого надо удостоися, а пока " раб погоняет хозяина"

Все просто! Как по-твоему двигается тело?? ? Двигается оно благодаря мышцам, в которых реагируют нервные окончания на импульсы нервной системы в головном мозге. А нервные импульсы-это энергия, протекающая по специальным нервным узлам. Например когда поранишься рука сильно болит (на самом деле это не рука болит, а определенная часть в мозге, отвечающая за телесные повреждения (нервный центр) . Реакция в руке по нервным узлам передает сигналы в голову, там они обрабатываются и отправляют сигналы, которые активизируют определенные железы, вырабатывающие гармоны, выбрасываемые в кровь, которые доставляются к поврежденному месту) . Так действует энергия на тело. Так как больше всего энергии вырабатывается в мозгу (миллионы сигналов) , точнее в его отделах, взаимодествующих между собой, можем предположить, что душа находится там, но есть теория, что в сердце (спорный вопрос) .
Теперь поговорим о душе. Душа не имеет такой плотности как физический мир, но это и не значит, что она не имеет таковой вообще. Эта плотность-энергетическая. Так же мы повторяем, что мысли-материальны, тоже становяться энергетически плотными. Теперь все это связываем и начинаем понимать, что нет органа в мозгу вырабатывающего сигналы, они как бы из ниоткуда появляются, а значит являются продуктом мышления души.

Душа-это всадник, а тело-конь. Если Душа опускает повод, то конь не мчится в дальние дали, а все время привозит всадника обратно в стойло к кормушке с овсом...

Вселенная управляет нами.

А как Ваш путь управляет Вашим движением? Каждая мысль материальна.