Поделитесь советом, пожалуйста. Canon eos 1000d . Автофокус и вспышка.

Один выход или два. Купить светосильный объектив .../1.2, есть синхронизаторы с инфокрасным лучем. Ну а вообще программа 1000д отрабатывает правильно, все как в инструкции

фокусироваться в ручную подсвечивая фонариком

Ничего не делать. Это такая традиционная фишка от Кэнон: подсвечивать автофокус вспышкою. Покупайте Никон, он подсвечивает мааааленьким светодиодиком, никого не напрягая... Как-там выруливают Сони и прочие, не знаю.

Как вариант - использовать внешнюю вспышку, а на фотике вспышку отключить. Выставляете фокус вручную, гасите свет, открываете затвор, вспышка, закрываете затвор.

Соглашусь с мнением, что вам поможет покупка фотоаппарата Никон. У него есть подсветка автофокусировки специальным светодиодом.

Автофокусу для работы свет нужен, тем более, что в этой камере модуль автофокуса с низкой чувствительностью, а нормальной подсветки для фокусировки нет, вот и моргает вспышкой.
Лечится только покупкой накамерной вспышки с функцией подсветки автофокуса, например Godox TT350C будет вполне, недорогая, полнофункциональная и компактная. Да и снимки с системной вспышкой будут получше, чем со встроенной.

Не знаю, как у Кенон, а у Никон внешняя вспышка проецирует инфракрасную решётку для нормальной фокусировки (сб900) - промахов, практически, нет. Помнится у сони а100, встроенная выдавала несколько импульсов и далее основной импульс.
Вам нужно поискать нечто подобное никоновкой сб900. Смотри ответ Y.Nine.

Там ИК автофокус или пресвет? Спидлайт родной избавит от этого.

Покупать фотоаппарат с чувствительностью АФ до -3 EV и светосильную оптику.