Что нужно сделать ещё?

Характерная для жертв низкопробных "курсов" мешанина из html и php с диким кол-вом include. Причём курсов, сильно устаревших.

Много лет как используется не https://www.php.net/manual/ru/function.autoload.php , а https://www.php.net/manual/ru/function.spl-autoload-register.php

Синтаксис if(): endif, while(): endwhile и т. д. объявлен устаревшим много лет назад. А уж мешанина этого синтаксиса с синтаксисом C-style - это уже говнокод.

Короткий тег <? объявлен устаревшим много лет назад и в современных версиях PHP его поддержка по умолчанию выключена. В современном PHP существуют только 2 тега: <?php и <?=

Использование кук для хранения данных пользователя - говнокод и дыра в безопасности. Для этого в PHP есть https://www.php.net/manual/ru/book.session.php

Впихивание значений непосредственно в SQL-запрос - говнокод. Для этого в PHP есть https://www.php.net/manual/ru/mysqli.quickstart.prepared-statements.php . И, кстати, использовать https://www.php.net/manual/ru/book.pdo.php куда удобнее, чем mysqli.

Конструкция
$pages = array( // Массив названий и id всех подключаемых страниц
['id' => 'about', 'title' => 'О нас'],
['id' => 'reg', 'title' => 'Регистрация'],
);
искренне повеселила: либо везде array(), либо везде []. А такая мешанина стилей, да ещё и в одном выражении - говнокод.

Отсутствие нормального роутинга. Структура современного сайт определяется совсем не размещением файлов index.php в папочках.

И это только то, что бросилось в глаза при заглядывании в несколько файлов твоего проекта.

Попробуй посмотреть серию уроков https://elisdn.ru/blog/113/psr7-framework-http и сравнить объясняемые Елисеевым принципы современной разработки с тем, чему тебя научили.

По-моему, это никого не ебёт

Сливай воду, у тебя html в index.php
Дальше даже смотреть нет смысла